Vào những năm đầu của thập niên 80 để hưởng ứng nước uống và vệ sinh môi trường Thế giới do Liên Hợp Quốc phát động, Chính phủ Việt Nam đã thành lập Uỷ ban quốc gia về nước uống và vệ sinh môi trường với chức năng tư vấn Chiến lược về cấp nước và vệ sinh môi trường. Cũng trong năm đó, tổ chức Quĩ Nhi đồng Liên Hợp Quốc (Unicef) bắt đầu viện trợ cho Việt nam Chương trình nước sinh hoạt nông thôn tài khoá đầu tiên (1982 - 1986). Tiếp nhận Chương trình ở cấp Trung ương là Bộ Lao động - Thương binh và Xã hôi (đơn vị trực tiếp quản lý là Chương trình Quốc gia nước sinh hoạt nông thôn, sau đổi tên thành Ban quản lý Chương trình nước sinh hoạt nông thôn - tiền thân của Trung tâm Quốc gia nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn); ở cấp địa phương là Chương trình Nước sinh hoạt nông thôn tỉnh trực thuộc Sở Lao động TB&XH. Hai năm đầu Chương trình được triển khai ở 3 tỉnh đồng bằng sông Cửu long, đến năm 1984 mở rộng ra 6 tỉnh và đến năm 1993 mở rộng ra 53 tỉnh thành trong cả nước (Trong đó có tỉnh An Giang 1990).
Đến năm 1995 theo nghị định số 26/CP ngày 17/4/1995 của Chính phủ, và Thông tư hướng dẫn số 07/LB/TT ngày 24/4/1996 của liên Bộ lao động TB&XH và Ban tổ chức cán bộ chính phủ. Ban quản lý chương trình được chuyển về Bộ nông nghiệp và PTNT và được đổi tên thành Trung tâm nước sinh hoạt và vệ sinh môi trường nông thôn theo Quyết định số 236/QĐ-BNN-TCCB ngày 12/12/1995. Tại An Giang cũng đổi tên thành Trung tâm nước sinh hoạt và VSMT nông thôn trực thuộc Sở nông nghiệp và PTNT AnGiang theo Quyết định số 883/QĐ-UB-TC ngày 29/7/1996 của UBND tỉnh An Giang.
Cơ sở vật chất ban đầu tiếp nhận từ xưởng dạy nghề số 77 Tôn Đức Thắng, Phường Mỹ Bình, TP Long Xuyên của Sở Lao động TBXH đã xuống cấp. Khi mới hình thành, nhân sự chủ yếu của Trung tâm gồm 06 biên chế và 28 công nhân lao động với chức năng thi công giếng khoan, đào mới và cải tạo các giếng khơi….Tổ chức, tiếp nhận vật tư, thiết bị...do Unicef và các tổ chức khác viện trợ.
Thực hiện quyết định của UBND tỉnh về việc qui định chức năng, nhiệm vụ và tổ chức bộ máy của Sở Nông nghiệp và PTNT An Giang, một lần nữa Trung tâm được đổi tên thành Trung tâm nước sạch và VSMT nông thôn theo Quyết định số 1818/2005/QĐ-UB ngày 27/6/2005 của UBND tỉnh An Giang, với nhiệm vụ chính là giúp Sở Nông nghiệp và PTNT triển khai các chương trình, dự án về lĩnh vực cấp nước sinh hoạt và vệ sinh môi trường nông thôn trên địa bàn tỉnh An Giang
Trong cải cách hành chính và xu thế hội nhập cần làm rõ và minh bạch các chức năng quản lý nhà nước; chức năng hoạt động sự nghiệp phục vụ quản lý Nhà nước, hỗ trợ kỹ thuật; cấp dịch vụ (bao gồm cả xu hướng xã hội hoá dịch vụ công trong lĩnh vực NS & VSMTNT), chức năng sản xuất kinh doanh. Mặt khác giúp các tổ chức quốc tế, các quốc gia có hiểu biết rõ ràng hơn để hỗ trợ có hiệu quả hơn cho các cơ quan, đơn vị liên quan theo đúng chức năng, nhiệm vụ của mình. Trong hoàn cảnh hiện nay có nhiều cơ hội để Nước sạch và VSMTNT tiếp tục nhận được sự trợ giúp của nhiều tổ chức Quốc tế, Quốc gia. Từ khi thành lập đến nay có nhiều nguồn tài trợ nước ngoài đã tham gia hỗ trợ Chương trình quan hệ đối tác cấp nước và VSNT ở cấp trung ương, trong đó những nhà tài trợ tiềm năng như DANIDA, AusAid, Hà Lan, Ngân hàng Thế giới, Ngân hàng phát triển Châu Á... Ở địa phương các nhà tài trợ đã và đang viện trợ ODA cho Trung tâm như UNICEF. Phạm vi hỗ trợ không chỉ đầu tư xây dựng công trình mà còn bao gồm các hoạt động nâng cao năng lực, phát triển nguồn nhân lực, thông tin - giáo dục - truyền thông, giám sát và đánh giá.
Để hoạt động cấp nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn phát triển bền vững, số lượng người dân được hưởng các dịch vụ nước sạch và VSMT nông thôn ngày càng lớn, mức độ dịch vụ ngày càng tốt đáp ứng được các mục tiêu của Chương trình MTQG và Chiến lược quốc gia, trong lĩnh vực cấp nước sạch và VSMTNT cần phải tăng cường các hoạt động dịch vụ công.
Do đó giai đoạn 2003-2005 đơn vị đã đi vào thực hiện Nghị định 10 (Tự chủ toàn bộ kinh phí hoạt động). Trong thời gian thực hiện Nghị định 10, do thay đổi cơ chế nên đơn vị có khó khăn khi thực hiện, từ đó UBND Tỉnh có Quyết định số 480/QĐ-UBND, ngày 13/3/2006 Về việc chuyển đổi Trung tâm Nước sạch và VSMT nông thôn thành đơn vị sự nghiệp có thu đảm bảo một phần kinh phí thực hiện vai trò Thường trực Chương trình MTQG Nước sạch và VSMT Nông thôn giai đọan II (2005-2011) và giai đoạn III (2011-2015). (Thực hiện theo Nghị định 43/2006/NĐ-CP ngày 25/4/2006).
Để đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ chính trị trong tình hình mới đến năm 2016 (thực hiện theo Nghị định 16/2015/NĐ-CP ngày 14/02/2015) . UBND tỉnh có quyết định số 271/QĐ-UBND ngày 01/02/2016 về việc giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tài chính cho Trung tâm Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn giai đoạn 2016 - 2018 và Quyết định số 2353/QĐ-UBND ngày 19/8/2016 về việc Giao quyền tự chủ về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy và nhân sự cho các đơn vị sự nghiệp đã được giao tự đảm bảo chi thường xuyên trên địa bàn tỉnh An Giang, có tư cách pháp nhân, có kinh phí hoạt động, có con dấu và mở tài khoản riêng, là đơn vị sự nghiệp khác hoạt động theo cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm áp dụng đối với sự nghiệp công lập theo quy định của pháp luật. Giai đoạn 2019-2021. Đơn vị tiếp tục được Ủy ban nhân dân tỉnh An Giang giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tài chính (theo quyết định số 594/QĐ-UBND ngày 21 tháng 3 năm 2019) và phê duyệt Phương án tự chủ về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy và nhân sự của Trung tâm Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn, theo Quyết định 1113/QĐ-UBND ngày 10/5/2019). Theo đó Trung tâm Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn là đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, phục vụ quản lý nhà nước của Sở trong lĩnh vực nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn trên phạm vi tỉnh An Giang.
Về biên chế :
- Tổng số biên chế viên chức : 11 người
- Số lao động hợp động : 84 người
Về tổ chức bộ máy : Gồm 05 phòng ban.
- Phòng Tổ chức, Hành chính : 07 người
- Phòng Kế toán, Tài vụ : 06 người
- Phòng kế hoạch-kỹ thuật : 03 người
- Phòng quản lý khai thác nước : 06 người
- Phòng kế hoạch, Tổng hợp : 04 người
- Ban giám đốc : 02 người - Công nhân trạm CN : 66 người
Từ thực tế yêu cầu ngày càng cao của nhiệm vụ nước sạch và VSMT nông thôn, cơ sở vật chất lúc này đã không còn phù hợp. Nhằm xây dựng môi trường làm việc một cách tốt nhất, năm 2015, được sự tài trợ của Ngân hàng Thế giới (WB) và của UBND tỉnh An Giang. Dự án xây dựng trụ sở làm việc đã được khởi công. Dự án có tổng mức đầu tư trên 10 tỷ đồng với cơ sở vật chất khang trang, năm 2017 chính thức đưa vào sử dụng sau gần 8 tháng xây dựng.
Hiện nay, cơ cấu tổ chức bộ máy hệ thống Trung tâm tương đối hoàn thiện và đầy đủ. Trước yêu cầu đổi mới, hoàn thiện tổ chức bộ máy phù hợp với chủ trương của Đảng, pháp luật của Nhà nước. Việc sắp xếp tổ chức bộ máy Trung tâm gắn liền với xây dựng vị trí việc làm cho từng bộ phận chuyên môn, để nâng cao trách nhiệm và hiệu quả công việc của từng viên chức, người lao động nhằm phục vụ công tác ngày càng tốt hơn, chất lượng hơn và tăng giá trị của sản phẩm hàng hóa, tăng thu nhập, góp phần cải thiện đời sống... là rất cần thiết, để góp phần đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ trong tình hình mới.
Phát huy tinh thần tự lực, tự cường, viên chức và người lao động Trung tâm quyết tâm vượt qua mọi khó khăn, hoàn thành tốt nhiệm vụ, xây dựng Trung tâm phát triển vững mạnh.